主要指遗传性肥胖、病理性肥胖和药物性肥胖。

遗传在肥胖过程中所占比例有限，大多认定为“多因子遗传”，但是真正的“多因子遗传”并不多见，遗传了父母“错误的饮食习惯”，而导致肥胖的例子，则屡见不鲜，故环境因素才是“遗传性肥胖”的主要原因。

病理性肥胖是指由于身体出现的某种疾病而引起的代谢减慢或合成脂肪增多，从而导致的肥胖。常见疾病有：库欣综合征、甲状腺功能低下、多囊卵巢综合症，下丘脑-垂体疾病等。

药物性肥胖包括在病理性肥胖中，主要是由药物（糖皮质激素、抗抑郁药）的副作用引起，比如有些患有过敏性疾病，类风湿病，哮喘病的病人。

前者以改善生活习惯为主，后两者则主要在控制高糖高脂的饮食习惯。